محمد ملکی در بیستم تیرماه ۱۳۱۲ در شمیرانات به دنیا آمد. او در سال ۱۳۴۰ در رشته بهداشت و صنایع غذایی فارغ‌التحصیل شده و بلافاصله به تدریس در دانشگاه تهران مشغول گردید و دوره‌های تخصصی این رشته را در اتریش و انگلستان گذراند. از سال ۱۳۳۰ فعالیت‌های سیاسی را در سال‌های آخر دبیرستان آغاز کرد و در جنبش‌های دانشجویی و نهضت مقاومت ملی و جبهه ملی ایران اول ادامه داد و از فعالین مبارزه بود. در سال ۱۳۳۹ در ارتباط با ورود ریچارد نیکسون و فعالیت‌های دانشجویی دستگیر و به زندان ساواک افتاد. بعد از آزادی به مبارزه علیه رژیم شاه ادامه داد. بعد از پیروزی انقلاب با اصرار محمود طالقانی و حکم شورای انقلاب، مسئولیت ریاست دانشگاه تهران را قبول کرد. 

دوران سرپرستی دانشگاه تهران توسط ملکی تنها دوره‌ای بود که با اصرار وی به صورت شورایی متشکل از استادان، دانشجویان و کارمندان اداره می‌شد و این شوراها، خود رئیس دانشکده و در نهایت رئیس دانشگاه را تعیین می‌کردند که ایشان پس از تشکیل این شوراها مجدداً به ریاست دانشگاه انتخاب شد. بعد از درگیریها و مشکلاتی که گروه‌ها ی فشار برای دانشگاه‌ها به وجود آوردند به بهانه انقلاب فرهنگی، دانشگاه‌ها تعطیل شد.

پیکر ملکی به بهشت زهرا منتقل شده است و بنا به وصیتش در قطعه چهاردهم به خاک سپرده خواهد شد.